吏政包考试司、人事司、监察司、组织司等门。
廉政公署是由御史台改编而来,对所有官员和将领都有调查之权,公署辖有信访局。
司法,负责法律的制定、案件地审理查、监狱,将后世的公安、司法、法院同归在一起。
政务院,设有政务首相和次相,原来的六改为吏政、财政、司法、农牧、工商、文教等六,每设有一个尚书和侍郎。据军政分开地原则,政务院类同于后世地国务院,因为人才不足和时代局限,机构要简化很多,但比起这个时代地三省六还是要健全不少。
农牧辖农业司、民屯司、利司、林业司、牧业司、粮司、土地司。
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军建,负责所有军事设施建设,辖有城垣司、工事司、营房司、通司,辖有浩大地工兵和建筑兵队伍,全面负责所有军民设施地建设,使得势力地每一栋建筑都能为军事目地贡献,等于后世总后勤和国务院里建设、铁、通的整合。另外,俘虏多半派到这里苦工。
军备,负责组织领导全军的武装备建设,将后世的总装备和国防科工委都括去了。面设有军械司,负责新武盔甲的设计、攻城防御械如弩炮的设计制造;常备司,负责制造供应常规兵、弓箭、盔甲等;火司,负责火药、火炮、火枪等诸多兵的制造;军矿司,负责开采铁、煤和石油。
后来又设了一个民政,辖有民生司、卫生司、邮政司、人促生司、保障司等门。
秘书记述皇帝的圣旨和转呈面的报文书,由秘书令负责起草。
工商辖有工业司、矿业司、外贸司、贸司、环保司、质检司、安监司等。
财政包税务司、统计司、钱币司、中央银行、审计司
文教辖有文化司、宣传司、版司、育司、产权司、旅游司、文司、教育司、科技司等,杂糅了教育、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业等后世门。
军需,辖有财务司、军粮司、军屯司、军牧司、军服司、军医司、军舰司等,同时还辖有十多个大型资生产供应的工场。在营级设立军需官来掌粮饷和其他资,发放粮饷时,所有将士都在场,由皇帝亲自向级军官分发,级军官再向中级军官分发,分发时需要军需官、参军和主将一起发放。财务司除了负责军中资供应费用的统计,还掌、统计所有粮饷的支支,跟政务院财政密切合作。军粮司负责联系地方政府凑集军粮、牲畜养屠杀、炊事等。军屯司负责所有屯田事宜,由屯田中郎将负责。军牧司,负责匹的采购、喂养、医治。军服司,负责所有军服、棉被、军旗、帐篷等的设计制造供应。军舰司,负责江河湖海上的大小船舶的设计制造,在河、辽东、山东等地兴建了多大型船厂。军医司负责宣传健康医疗知识、救治伤兵、防止瘟疫,从营级开始有医疗伍之至到师级有野战医院,渐渐地战地医生、护士、医疗械都开始齐全,不再完全仰仗中医。
国家安全总署,由原来的军司、中司、暗香司改编而成,不仅仅要对敌人和其他盟友势力,更要对准,一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀,升级后的报总署是后世国安、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅,是中央报局和联调查局的合,调查、敌人、盟友。
行军法、监督军纪和监控劳改;组织司,在军中发展通天教组织和合军功司、军法司,完成对将士们军衔和军职的擢升;宣抚司负责军队对、对外、对民的三重宣传。
通天教神殿是将通天教的宗教地位提到军政同等度,便于发展通天教去挤压其他教派,全面提升国人的宗教信仰。
军训,负责平时所有军队的训练、发展,辖有,禁卫司,负责禁卫队的编制、训练;警备司,负责警备队的编制、训练;陆军司,负责所有陆上军队包括骑兵、弓弩兵、枪兵的编制、训练;火司,负责所有火枪和火炮兵的编制、训练;军司,负责所有河湖泊以及海上的师的编制、训练。